I Norddjurs Kommune er der såvel marine som terrestriske Natura 2000-områder, også kaldet for internationale naturbeskyttelsesområder. Disse områder omfatter habitat- og fuglebeskyttelsesområder. Områderne er udpeget for at beskytte bestemte naturtyper og dyre- og plantearter (kaldet områdernes udpegningsgrundlag).
Natura 2000-planernes overordnede målsætning er at bidrage til at sikre eller genoprette gunstig bevaringsstatus for de naturtyper og arter, som indgår i udpegningsgrundlagene for de internationale naturbeskyttelsesområder.
Ifølge habitatbekendtgørelsen skal der, inden der træffes en afgørelse, foretages vurdering af, om de pågældende ændringer i sig selv eller i forbindelse med andre planer og projekter, kan påvirke et Natura 2000-område væsentligt. Hvis en negativ påvirkning ikke kan afvises, skal der laves en nærmere konsekvensvurdering.
Bestemmelserne i habitatbekendtgørelsen gælder både ved tilladelser til projekter i og udenfor de internationale beskyttelsesområder. Ved tilladelser og i forbindelse med planer og projekter skal myndigheden tage stilling til, om projektet kan påvirke de arter og naturtyper, som et nærliggende internationalt naturbeskyttelsesområde er udpeget for at bevare.
Spildevandsplanens tiltag i den kommende planperiode, der bl.a. indebærer, at flere områder inddrages i kloakopland, vil medføre, at udledningen af næringsstoffer fra spildevandsrensning øges med få promiller i forhold til den samlede næringsstofbelastning af Natura 2000-områderne. Opgørelserne er dog foretaget på et overordnet niveau og på baggrund af standardberegninger. Der er bl.a. ikke indregnet eksisterende udledninger fra ukloakerede områder, der planlægges kloakeret. Derved undervurderes de positive effekter, der er ved gennemførelse af spildevandsplanen. Med den forbedrede og fremtidssikrede spildevandshåndtering, som opnås med separering og afskæring af spildevand til de større centrale renseanlæg, forbedret rensning i det åbne land, tiltag til reduktion af fejltilslutninger m.v., vurderes det, at spildevandsplanen vil medvirke til målopfyldelse og dermed til sikring af gunstig bevaringsstatus for Natura 2000-områdernes udpegede naturtyper og arter. Det er vurderet, at eventuelle påvirkninger af Natura 2000-områderne som følge af spildevandsplanens realisering er uden betydning for udpegningsgrundlaget i de pågældende områder.
I forbindelse med detailplanlægningen af kloakprojekter vil der blive taget nødvendige hensyn til eventuelle forekomster af særligt beskyttede arter (bilag IV-arter), og der tages højde for øvrige beskyttelseshensyn.