Norddjurs Kommune har 346 km målsatte vandløb i henhold til forslaget til 1. generation af vandplanerne, der blev udsendt i høring i 2013. Heraf forventes 205 km (59 %) at have en god eller høj økologisk tilstand, som dermed opfylder miljømålet. 111 km (32 %) vandløb har moderat eller ringe økologisk tilstand, så de opfylder ikke miljømålet. 30 km (9 %) vandløb har ingen miljømål på grund af manglende viden.
Af de 111 km vandløb, som ikke har målopfyldelse i 2015, er der 48 km vandløb, som ikke opnår målopfyldelse på grund af påvirkning af organisk stof, dog er det kun ca. 4,5 km, som er udpeget til, at påvirkningen af organisk stof kommer fra udledning fra spredt bebyggelse eller regnbetingede udløb.
I vandplanernes første planperiode er der udpeget 7 søer i Norddjurs Kommune. Ramten sø, Mosegård og Møgelmose er udpeget til at have en moderat økologisk tilstand i dag, Løvenholm Langsø og St. Sjørup Sø er udpeget til at have en ringe økologisk tilstand, og Dystrup Sø og Dyrsø er udpeget til dårlig økologisk tilstand. Påvirkningen af søerne vurderes ikke at stamme fra spildevand.
Havet omkring Norddjurs Kommune er opdelt i to kystområder; Hevring Bugt og Farvandet Djursland Øst. Hevring Bugt er klassificeret som havende ringe økologisk tilstand, imens farvandet øst for Djursland er udpeget til at have manglende målopfyldelse, men er ikke klassificérbar.
Som en konsekvens af en politisk beslutning om basisanalysen for vandområdeplanerne for perioden 2015-2021 er der foretaget en justering af de vandløb, der fremover indgår i vandplanlægningen. Dette indebærer, at flere vandløb ikke længere er specifikt målsat ifølge vandplanen, hvorfor ovennævnte opgørelser, foretaget på basis af forslaget til vandplanerne udarbejdet i 2013, ikke er helt i overensstemmelse med de endelige vandplaner, der netop er blevet vedtaget.